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In der Regel wird das Objekt auf den Objektträger montiert (befestigt), und dann werden beide zusammen zur Betrachtung in das Mikroskop eingesetzt. Auf diese Weise lassen sich mehrere auf einem Objektträger montierte Objekte schnell in das Mikroskop einführen und wieder herausnehmen, beschriften, transportieren und in geeigneten Objektträgerkoffern oder -mappen usw. aufbewahren.
Objektträger werden oft zusammen mit einem Deckglas verwendet, einer kleineren und dünneren Glasscheibe, die über das Präparat gelegt wird. Die Objektträger werden auf dem Objekttisch des Mikroskops mit Objektträgerklammern oder einem Kreuztisch fixiert, der für eine präzise, ferngesteuerte Bewegung des Objektträgers auf dem Objekttisch des Mikroskops verwendet wird (z. B. in einem automatisierten/computergesteuerten System oder in Fällen, in denen das Berühren des Objektträgers mit den Fingern aufgrund des Kontaminationsrisikos oder mangelnder Präzision ungeeignet ist).